民间相传，南宾建县伊始，县城曾选址于此。开工不足三日，挖出一尊石头菩萨，当地人见菩萨出世，以为是菩萨显灵，立即阻止施工，不让修建县衙。朝廷一时无法，想出一个折中之法，取现今县城南宾镇之泥土与银杏堂处泥土对称，两地之土谁处重，便在谁处修建县城，结果银杏堂泥土轻于南宾，县城自然改建于南宾镇，银杏堂之地改为修庙。
民间另一传说是出于风水的考虑。其主要原因是盘龙山银杏堂之风水为天子风水，只因青龙位低于白虎位，自古民间有宁可青龙高万丈、不愿白虎抬寸头。又因风水学白虎生将军一说，将军多、国必乱。县城建于此，将对国运不好。必须修庙镇住此处风水，以保国泰民安、风调雨顺。
我们都知道，华夏大地自开国立朝伊始，建都建府都特别迷信风水，上至皇帝，中到将相侯爵、达官贵人、下至庶民百姓，谁都会给自己的都城、官邸、宅舍选一处风水好的地方修建。
通常情况下，国看大风水，民看小风水。根据当时的风俗，石柱(旧时称南宾)初建县时官吏们也免不了在辖区内寻觅一块风水宝地来建县衙。银杏堂地处施州(今湖北恩施)与万州的交接处，其地理位置属石柱的东北门户，就是不具备建县条件，至少也应该建一个边关重防机构。像这样的地方修县选址前，风水先生们会毫无疑问地来到此处查勘。而事实上无论哪一个看风水的先生看到银杏堂的地理状况，都会被此处的风水所吸引。
银杏堂的确为一块风水宝地，并且还暗藏许多地理风水玄机，站在灵鹫峰上注视对面，初看最远处的山峰，峰型似一个金元宝立在眼前，而细看却又像皇帝用的玉玺横放在笔架后(山前还有一座笔架型小山)。如与周围山水同看此山又似一尊男性佛像仰面平躺在山间，更为奇特的是在它右边又有一尊女身像也是仰面平趟(此女像民间称之为观音菩萨睡像)。两尊佛像头顶相对，中间略微隆起的山峰似一道睡枕将两头隔开，平和安详地沉睡着。
如此地理环境，翻开古代关于风水学图书，无论《圣人伏羲氏》仰观天象，中察人间景象，耳听世音纳韵、《河图洛书》主宰者理，对待者数，流行者气，还是采用(先天伏义易卦图)、(后天文王圣卦图)之说，银杏堂的地理环境与龙脉风水完全相合，实乃一块风水宝地。
既是龙脉为何又要放弃在此建城而另择其他呢?首先得了解风水学关于龙脉的注解，所谓龙脉就是出天子之地，龙脉又分阴龙脉和阳龙脉，阴龙脉属墓地，用于葬死人用，谁家先人葬于此不出三代必出天子。阳龙脉通常用于建皇城或陪都用。只可惜世间万物都是千变万幻，水土、山川运动会不断地摧毁和造就新的龙脉出来，古代封建王朝不可能每发现一个就修一个城，或是派兵镇守，最终的办法就是用修建庙宇来镇住，这样的话既省力、省钱、省事，又可起到保全王位、避邪镇魔、泽福于民之作用，古往今来，这就是为何好风水尽被寺院占据的实因了。
银杏堂既是风水宝地，选择作为县衙住地自应是合理之选择，为何又要放弃呢?原因难道真是民间所说的泥土重量和挖出菩萨之说吗?
其实不然，真正放弃的原因应该是听信了风水之说，因为此处风水暗藏许多玄机，不但是龙脉，而是阴阳双脉，修城于此，必遭战火，吾佛于山，泽福于民。南宾一方水土必出贤士大夫，将相候爵。
表面上看，朱雀位(正南方)有山似元宝、玉玺，有钱有权，玄武位(正北方)又是灵鹫峰龙头，龙头前又是官渡河，坎水从峰两旁入河，白虎位(正西方)山峰重叠环抱如臂，就青龙位(正东方)稍弱，漏口缺峰挡。风水学有这样一种说法，“宁可青龙高万丈，不愿白虎抬寸头。”而银杏堂的风水是白虎高于青龙，作为家居风水，只要找准穴眼，那决对是好风水，而作为府邸那就大不一样了，青龙表示文官，白虎为武将，如建县城于此，武必胜文，再说此处又为龙脉，出的武将太多，必招至战火连连，老百姓必遭灾祸，更何况上苍在造就此处风水的同时，将白虎位上的山峰也塑成观音菩萨样睡于峰脊，朱雀位也同成佛像，演变成多种景象迷乱人眼。明摆着是要镇住此条阳脉的龙气外泄，以免生灵涂碳，民间又何抗天命之违呢?还不赶快顺应天意修一座庙宇将阴脉镇住保天下太平呢?
还有另一原因：从南宾定位风水，银杏堂为东北位，八卦称艮位，乃鬼藏之地，石柱西沱镇乃白虎正位，因此为何两座大寺庙银杏堂、南城寺只建在此两处了。
以上说法，究竞哪种说法更为准确?现今也无法找到证据论证，倒是寺庙乾隆十六年立的一块古碑上所刻文字可做参考。
……赏观坤鸡之内，凡得钟灵奇秀之福地，必有闲士大夫，以崇功者，皆应吾佛世尊於灵山之。记嘱也间，或盛业废之不常，亦时遇理数之有待兹。龙盘山银杏堂寺者，乃古跻之招堤，其龙脉发生迢逅，难审近数里许，耸然而起，巍峨层迭，偃然而伏，曲折蜿蜒，而穴焉於中，古寺森然，残喈嘁然，梅竹环然，松柏行然仰之。俯之带水湍环，佳葩异木，四季芳菲，紫雾彤云常时乘，霭林簌泉琴频闻，书夜猿歌鸟咏每，听阴晴壮瞿塘之胜地，冠石柱之精……
解析此段碑文，民间第二种说法可信度倒是稍许高些。而事实上从地理环境学上分析，第二种说法也更相近。
初建银杏堂的始因的确是风水之说。其依据除了寺内古碑文字记载之外，地理环境也在其中。我们都知道中国是一个具有五千年传统文化的文明古国，各民族都有自己本身的风俗习惯，无论做什么事都有一套规矩，都有一种学说为依据行事。从古至今：风水学这一理念早已成了人们建城、修造家园等的基本准则，民间自古有这样一种说法：天下好风水大都被寺庙占据。石柱银杏堂之风水也不例外。
纵观银杏堂的地理环境，按易学朱雀、玄武、青龙、白虎布局来分析，不难看出其中之玄机，寺庙坐西北朝东南，中轴线以西北和东南方中心线为基点分别向两边修建，庙座落在八卦之乾位，即风水学之绿位，又称天门，后天八卦为玄武，玄武位又正好是盘龙山的龙头;盘龙山因其山形酷似盘龙的形态而得名，整个山脉共分九峰，蜿蜒数公里，官渡河顺其山脚弯蜒而过，当河水流到盘龙山第一峰灵鹫峰脚，画了一个半圆后，从灵鹫峰的另一边缓缓流入长江。灵鹫峰又称龙头，总面积约三百亩，半山腰上对称有两口半亩大的天生水塘，犹如龙的两只眼睛，而寺庙就建在水塘以上部位，即龙头顶上，意在压住此龙，不让其抬头祸害人间。
寺院正前方为巽位，风水称入门，后天八卦称朱雀，其位可见山景为二层，前山山形为笔架山状，后山山形则乃一山三形，即可见之山的形状分别为：男身平躺仰视天空、金元宝状立于庙前、玉玺状置于笔架山后。此处景致古碑描写到：带水屏山大望珠，龙持珠宝凤衍书。另：其它残碑多次提到宝珠涌现、钵奉明珠养世尊，只因古碑残缺不全，能找到的相关文字记载也就仅于此了。
寺院的左面乃西南方，坤位，又称地户，后天八卦为白虎，因其最远处山形似一尊女像仰睡于庙门的左前方，民间便称之为睡观音，其位立于正南方。
寺院的右面乃东北方，艮位，又称鬼藏之地，后天八卦为青龙。此处山势较矮，无形可言。
综合以上地理环境分析，依据风水之推论，此处真乃天子之脉，只因白虎位高于青龙位，先天八卦玄武位呈回龙状，并伴有龙脉脉像断裂，实属马上天子之脉，又因白龙位高于青龙位，此处风水又属于凶龙之像。此处如建县城，必出马上天子，将会战火不断，
因此：修庙宇改天子脉为将、相、候、爵脉，以保国泰民安、风调雨顺。再则：怕西南闹事，镇住龙脉，不让此龙抬头，意喻谁在西南闹事，谁必死于西南。因此，自寺院修好后，历朝历代凡在西南举事者，其结果都很悲惨。其次，在当时特定的历史时期，各朝各代帝王将相都较为迷信风水之学，每一个城池、宅基的修建都得经过风水大师的勘测后再动工建设，对于所发现的天子之脉必用风水之物镇之，无镇脉之处必毁之，历史上向这类事件枚不胜举。
以上那种说法更为准确，至今都是一个难解之谜，你说不信，千年来的历史难道又是一种巧合吗?民间自古有一种说法：天下未乱，蜀先乱。得蜀者，得天下。自庙修好后，凡想在西南谋天下之人，似乎都未得善终。
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